De acuerdo con el último Censo Agropecuario (CA), el estado de Querétaro existen 384 unidades productivas de agricultura protegida, sobre una superficie de 1,346 hectáreas. Del total del área que produce bajo instalaciones de agricultura protegida, 60.2% cuenta con invernaderos; y el 8,8% con macro túnel. 

El resto de las infraestructuras contribuyen cada una con menos de 1% de la superficie: tales como el vivero (0.9%), micro túnel (0.6%), malla sombra (0.1%) y otros tipos de estructuras (0.2%).

Según el Instituto Nacional de Estadística y Geografía- Inegi este sistema de producción ha crecido en el país, debido a que su tecnología y su infraestructura permiten controlar factores ambientales y proteger a las plantas de plagas o enfermedades.

El jitomate es el principal producto bajo agricultura protegida en el estado; bajo este sistema de producción también se cultiva chile, pepino, arándano, fresa y manzana.

Producción a cielo abierto

Al informar sobre la producción y superficie sembrada de los principales cultivos anuales, el Censo Agropecuario precisa que el estado produce anualmente 913,251 toneladas de maíz forrajero, sobre una superficie sembrada de 14,460 hectáreas, siendo el principal producto cultivado a cielo abierto. Además de la producción de maíz de grano blanco, la avena forrajera, el tomate de cáscara, brócoli y cebolla.

Respecto a los cultivos perennes (vegetales cuyo periodo de desarrollo es mayor a un año), los principales productos que se generan en Querétaro son la alfalfa (494,748 toneladas), también el pasto cultivado, espárrago, agave, uva y naranja.