El principal desafío en el cultivo de la vainilla (Vanilla planifolia) es la infección por fusariosis.  Se trata de una enfermedad que pudre la raíz y tallo de la vainilla causada por el hongo Fusarium oxysporum f.sp. vanillae con pérdidas económicas considerables en las plantaciones de Xalapa, Veracruz.

De acuerdo con Mauricio Luna Rodríguez, catedrático de la Facultad de Ciencias Agrícolas de la Universidad Veracruzana (UV), la fusariosis es la principal patología en los sistemas de cultivo de vainilla que puede causar la muerte del 60% o el total de las plantas en un cultivo. 

En la UV avanzan en la investigación para determinar definir y conocer cómo el patógeno ataca la vainilla, así como para establecer estrategias, como programas de mejoramiento genético de la vainilla para resistir la fusariosis y controlar la agresividad contra la planta, una orquídea de hábito trepador y de crecimiento rastrero originaria de Mesoamérica.

Otro de los problemas en el cultivo de la vainilla son las temperaturas superiores a los 32°C que impacta en la fisiología y ecología de la planta. Durante los meses de agosto y septiembre, el fruto se cae cuando todavía no está maduro, uno de los principales problemas que enfrentan los productores desde años anteriores.

Los problemas sociales es otro desafío que enfrenta la producción de vainilla. Los productores padecen del robo de vainilla que afecta económicamente y evita que el fruto alcance la madurez requerida, lo cual merma la calidad de los perfiles químicos para un buen extracto, procesamiento y comercialización. 

En 2023, la vaina en México registró un intercambio comercial total de US$629.000 con aplicaciones en la industria alimentaria, perfumería y medicina. En el contexto global, los principales países exportadores de Vainilla en 2022 fueron Madagascar con ganancias de US$654 millones; Francia, con US$67.3 millones, y Uganda con US$44.5 millones.